日本口腔医学专业在世界上的排名都是顶尖的，一直是留学生的首选。最具影响力的日本国立大学东京医科齿科大学。学校的齿学专业日本第一位，世界前5位。
日本口腔医学有三大专业分支，分别是：基础齿学、临床齿学和社会齿科学
基础齿学下设学科为：口腔解剖学、口腔生理学、口腔病理学、口腔生化学、口腔細菌学、口腔解剖学、口腔生理学、口腔病理学、口腔生化学、口腔細菌学
临床齿学下设学科为：口腔診断学、咬合学、齿科補綴学、保存修復学、口腔内科学、口腔外科学、齿周病学、齿内疗法学、齿科矫正学、小児齿科学、齿科放射線学、齿科麻酔学、審美齿科学、齿科インプラント学、口腔再生学、障害者齿科学、高齢者齿科学
社会齿科学下设学科为：口腔衛生学(口腔保健学)、法齿学、齿学史
国内本科五年制的口腔医学专业，可以直接申请日本博士（4年制）。要求日语有一定基础，英语要求优秀。
推荐学校东京医科齿科大学
该校位于日本东京都文京区，是日本著名的国立大学。于1928年建立，其齿学部是日本最早成立的公立牙医学教育机构，也是旧六齿科大学之一。东京医科齿科大学拥有2个学部、2个研究科、2所图书馆、2所附属医院，以及众多的研究机构。
东北大学
东北大学是日本一流国立研究型综合大学，其齿科专业在日本甚至全球范围内都有极高的地位。之所以说是全球范围内是因为东北大学齿学部和齿学研究科与世界少有的齿学研究基地保持着密切的国际合作，例如我国的顶尖大学北京大学、四川大学、中山大学；韩国的首尔大学、全南大学等，都与东北大学确立了东亚范围的齿学教育和齿科医疗的基础合作框架，并且也开展了与这些大学双学位课程。
大阪大学
其齿科专业是日本国立大学的第一个齿科。大阪大学齿科学院是日本齿科和齿科大学中最活跃的研究系。为了营造多样化的研究氛围，学校给所有的学部生提供了戒除烟酒的环境，从大学三年级开始与研究人员一起进行研究。
北海道大学
北海道大学的口腔专业，为了培养口腔科医师应具备的专业能力，展开小组形式的“真人教育演习”、“早期临床体验实习”以及其他特色性教育内容。
北海道大学口腔学的专业设置分类也很多，其口腔诊断内科学讲座是本校最大的一个特点，在日本很少有学校开设这类课程。
除了上述院校，新泻大学的口腔生命福祉学科、广岛大学的齿学科、冈山大学的齿学科也比较不错，偏差值都很高。
